Marijan Rupert je študiral primerjalno književnost in sociologijo kulture na Filozofski fakulteti v Ljubljani. Ves čas ga je zanimalo razmerje med literaturo in likovno umetnostjo. Magistriral  je na temo Ut pictura poesis pri prof. dr. Bracu Rotarju. Podiplomsko je študiral teorijo romana pri mentorju Milanu Kunderi v Parizu ter se z različnimi štipendijami izobraževal na Dunaju. Od leta 1994 je zaposlen v Narodni in univerzitetni knjižnici v Ljubljani, v času  2006 do 2019 kot vodja, nato kot skrbnik Rokopisne zbirke. Pri svojem delu se sooča z literarno zgodovino v praksi: arhivi in zapuščine književnih ustvarjalcev, s katerimi se službeno ukvarja, mu omogočajo specifičen, predvsem bolj oseben vpogled v življenje pisateljev ter hkrati v genezo oz. nastajanje njihovih književnih del.

Pripravil je veliko število razstav in pri mnogih strokovno sodeloval, večinoma na temo slovenske literarne in kulturne  zgodovine, tako v Narodni in univerzitetni knjižnici kot drugod (Moderna galerija, Narodna galerija, Cankarjev dom, Plečnikova hiša, Mestni muzej). Sodeloval je s številnimi  ustanovami (Inštitut za literaturo in literarne vede ZRC SAZU, Filozofska fakulteta, muzeji, knjižnice, Društvo za domače raziskave, Literaturhaus (Dunaj)…) pri različnih raziskovalnih in razstavnih projektih. Objavlja esejistiko, študije v katalogih, spremne besede, strokovno publicistiko v revijah in časopisih, sodeluje pri snemanju dokumentarnih filmov ter predstavlja problematiko literarne dediščine z referati in predavanji na simpozijih doma in v tujini.